La jurisdicción de CORMACARENA comprenderá todo el territorio del departamento del Meta, incluida el área de Manejo Especial de La Macarena, delimitada en el decreto 1.989 de 1.989, con excepción de las incluidas en la jurisdicción de la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Oriente Amazónico CDA y CORPORINOQUIA. El Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible ejercerá de manera directa, exclusiva y transitoria como autoridad ambiental en las áreas sujetas a trámite de solución de desacuerdos limítrofes, mientras estos se resuelven.